Pôvod umenia tvarovať bonsaje pochádza zo starovekej Číny, odkiaľ pochádzajú prvé zmienky o stromoch pestovaných v miskách už z doby okolo prelomu letopočtu. Čínske bonsaje sú pomerne zložité s prvkami krajiny, často s využitím prvkov ako mŕtve drevo alebo obnažené korene.

V 6. storočí sa pestovanie bonsajov  dostáva do Japonska, ktoré v tej dobe bolo pod silným čínskym vplyvom. Japonci umenie pestovania bonsajov zjednodušili a výrazne prepracovali, zdokonalili ako umelecké tak pestovateľské aspekty. Pozorovaním voľne rastúcich stromov v prírode vypracovali klasické štýly bonsajov, podľa ktorých sa bonsaje tvarujú.